Теоретическое отделение было открыто в 1958 году. Его основателями и первыми преподавателями были виднейшие музыковеды и композиторы, выпускники Московской консерватории им. П. И. Чайковского: М. Абдраев, Г. Окунев, Л. Бочарова, В. Кончаков, В. В. Янковский ставший первым заведующим отделения. Первый выпуск теоретико-композиторского отделения состоялся в 1961 году. Его выпускниками были Ч. Кожомжаров и Т. Томотоев – впоследствии Заслуженные артисты Киргизской ССР.
В разные годы на теоретическом отделении работали такие мэтры кыргызского искусства, как К. Молдобасанов – композитор, Народный артист СССР, лауреат Государственной премии СССР; Заслуженные деятели искусств КР: А. Джаныбеков, В. Роман, С. Субаналиев; Заслуженный деятель культуры, кандидат философских наук, музыковед А. Кузнецов, а также В. Пец, А. Ледовая, В. Хаустов, В. Кузнецов, Л. Беляева, Н. Издебская, Л. Риб, С. Турдубаев, Л. Краснооокая, Н. Янковская, С. Рекичанская, А. Малеванная, А. Фохт, Т. Соколова и другие.
За прошедшие годы училище закончили свыше 400 специалистов-теоретиков. Наши выпускники работают не только в музыкальных заведениях Кыргызстана, но и за его пределами. Среди выпускников – заслуженные деятели искусств С. Осмонов, Т. Чалапинов, Ж. Малдыбаева, А. Мурзабаев, К. Асанбаев, Т. Саламатов, А. Жээнбаев; доктор искусствоведения К. Дюшалиев; профессор Кыргызской Национальной консерватории Е. Лузанова, Е. Чехова, А. Оморов и многие другие.
Педагогический состав отделения обеспечивает высококвалифицированное ведение полного цикла специальных и общих курсов музыкально-теоретических дисциплин на всех отделениях. Знания, получаемые по истории и теории музыки, позволяют сформировать музыкальный вкус, профессиональные навыки музыкантов и расширить кругозор студентов.
Многих педагогов по праву можно назвать корифеями нашего отделения: это такие опытные преподаватели как Заслуженный работник образования Ж. С. Чалапинов, отличники образования и культуры КР С. М. Янковская, М. М. Абдувахапова, И. А. Чежина, Н. Д. Самойленко. Также в настоящее время работают: Отличник культуры КР Э. А. Серго, Отличники образования КР С. И. Дехнич, Г. А. Виноградова, Т. М. Нетупская, Д. А. Глуховской, И. Р. Филипская, Ч. Ж. Аскарова, С. Элебесова, А. Намазбекова, Н. М. Сарабаева.
На протяжении 20 лет (1992-2012 гг.) заведующей отделением музыкально-теоретических дисциплин была С. М. Янковская – прекрасный педагог-методист. Она внесла большой вклад в воспитание и профессиональное образование молодых музыкантов. В настоящее время отделением заведует И. Р. Филипская.
На отделении активно ведется методическая работа, преподаватели являются организаторами учебно-методических семинаров, познавательных викторин, конкурсов и лекций-концертов, проводимых совместно с преподавателями и студентами других отделений. Их тематика разнообразна и увлекательна, позволяет стимулировать процесс учебы, и развивает творческий потенциал студентов, не только теоретического, но и других отделений. Преподаватели отделения являются авторами ряда статей в СМИ. Регулярно ведется просветительская и профориентационная деятельность.